典型任务
同源建模
RMSD（均方根偏差）
Rg（回旋半径）
氢键分析
MM/GBSA
虚拟筛选
分子自组装
应力-应变曲线
分子动力学形变模拟
分子动力学辐照模拟
径向分布函数（RDF）
扩散系数
电池电解液的动力学模拟
热导率
栏目内容
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RMSD
RMSD（均方根偏差）
RMSD（均方根偏差）是分子动力学模拟中衡量结构变化的常用指标，通过计算模拟轨迹中各帧结构与参考结构（如初始构象）的原子位置偏差，来评估蛋白质等生物大分子的整体构象稳定性或折叠/去折叠过程。
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11
径向分布函数
径向分布函数（RDF）
径向分布函数（RDF）用于表征模拟体系中粒子在空间的分布概率，通过统计以某一粒子为中心、不同距离处找到其他粒子的密度与体系平均密度之比，可分析溶液结构、离子水合、界面有序性等局部结构特征。
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电池电解液的动力学模拟
电池电解液的动力学模拟
电池电解液的分子动力学模拟通过构建离子、溶剂分子与添加剂的原子模型，研究其微观结构（如离子溶剂化、团簇形成）、动力学性质（如扩散系数、电导率）及界面行为，为优化电解质配方与性能提供理论依据
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面向生物医药、材料和电池电解液等方向，支持同源建模、轨迹稳定性、结合自由能、扩散、热导率等分子动力学分析。
FAQ
咨询前常见问题
这些问题用于帮助你整理任务条件，具体资源、周期和交付深度仍按项目确认。
第一性原理计算需要提供哪些输入？ +
通常需要结构模型、研究目标、候选软件、计算参数偏好和希望输出的图谱或数据。若参数尚未确定，可以先说明问题背景，再共同确认计算口径。
DFT 图谱能否直接作为论文结论？ +
图谱需要结合计算模型、参数收敛、对比组和研究问题解释。单张图通常不足以支撑完整结论，是否可用于论文表达需要按具体课题复核。
分子动力学模拟需要多长时间？ +
模拟时间取决于体系规模、力场、时间步长、采样目标和资源条件。初期建议先确认代表性体系，再判断是否需要短程测试或长时间采样。
RMSD 平稳是否说明体系一定稳定？ +
不一定。RMSD 是整体偏移指标，还需要结合轨迹、局部相互作用、能量变化和研究目标一起判断。单一指标不应替代体系复核。
分子对接结果是否需要再做 MD？ +
是否需要取决于研究目标。如果只是快速筛选，对接可能足够；如果需要解释结合稳定性、构象变化或能量贡献，通常需要进一步模拟和复核。
有限元仿真前需要提供什么？ +
建议提供几何模型、材料参数、载荷、约束、边界条件和希望观察的结果指标。如果工况不完整，可以先做建模可行性评估。