MD 结果要回到轨迹本身
分子动力学分析通常会输出大量曲线，但曲线只是轨迹的摘要。RMSD、Rg、扩散系数等指标需要结合体系、时间尺度和研究问题一起解释。
三个常见指标
- RMSD：描述结构相对参考构象的整体偏移，常用于观察体系是否趋于稳定。
- Rg：描述结构紧致程度，常用于蛋白、聚合物或复合体系构象变化分析。
- 扩散系数：描述粒子或组分的运动能力，常见于电解液、膜材料和界面体系。
不能只看单一曲线
例如 RMSD 平稳并不必然说明所有局部作用都稳定，Rg 变化也不一定直接等同于功能变化。更稳妥的做法是结合代表性构象、相互作用、能量变化和轨迹可视化。
咨询建议
如果已有轨迹文件，可以提供拓扑、轨迹片段、模拟条件和目标指标。若还未运行模拟，可以先说明体系组成和希望回答的问题。