对接分数不是最终结论
分子对接常用于筛选构象和初步判断结合模式，但对接分数受构象准备、口袋定义、打分函数和约束条件影响。后续是否需要 MD 或 MM/GBSA，要看研究目标和体系复杂度。
MM/GBSA 适合做什么
MM/GBSA 常用于估算结合自由能趋势，适合比较候选分子或突变体系的相对差异。它不是万能的绝对能量答案，通常需要结合轨迹稳定性、相互作用和实验背景解读。
复核重点
- 蛋白和配体结构是否处理完整。
- 质子化状态、电荷和力场参数是否合理。
- 轨迹采样时间和构象代表性是否足够。
- 是否需要拆分能量贡献解释差异来源。
咨询建议
提交需求时建议提供蛋白结构、配体结构、目标口袋、候选分子数量和希望输出的排名或解释深度。